Исследование открывает новые возможности для поиска лекарств и терапии против психического расстройства. Программу, разработанную в процессе поиска гена, сибирские ученые выложили в открытый доступ — с ее помощью можно изучать и другие заболевания.
От депрессии, по оценкам ВОЗ, в мире страдают 350 млн человек. При этом у 30-40% людей развитие заболевания связано с генетическими факторами. Учёные из Института цитологии и генетики в Новосибирске обнаружили ген, влияющий на развитие депрессии у европейцев.
Новый ген назвали NKPD1. Так как для исследований использовался генетический материал европейцев, по словам ученых, у монголоидов, то есть азиатов, и негроидов — людей с черным или шоколадным цветом кожи, такого гена нет. У них за депрессию отвечает другой ген, и его только еще предстоит найти.
Ученые надеются, что открытие поможет в создании лекарств против этой распространённой болезни. Для проведения исследования использовали методы генетического анализа, разработанные в сибирском Институте.
Ген, контролирующий депрессию
В поисках «депрессивного гена» сибирские генетики-математики проанализировали данные около 2000 человек. Их предоставил голландский центр «Эразмус» в Роттердаме, который занимается изучением депрессии.
«Мы не стали рассматривать каждый генетический вариант отдельно, как это обычно делается в таких исследованиях», — рассказала RBTH руководитель исследования, доктор биологических наук Татьяна Аксенович.
Вместо этого мы брали ген целиком и рассматривали только те генетические варианты, которые меняют структуру соответствующего белка. Еще одна наша фишка в том, что мы сосредоточились на так называемых депрессивных симптомах, а не на подтвержденном диагнозе
Для того, чтобы идентифицировать ген, участвующий в контроле депрессии, кандидат биологических наук Надежда Белоногова разработала программу «FREGAT». В нее вошли как методы «регионального анализа ассоциаций», когда ген анализируется целиком, так и все новые методы, разработанные в процессе исследования.
По словам сибирских учёных, благодаря программе данные считываются очень быстро: поиск гена NKPD1 занял всего несколько часов. Значительно больше времени потребовалось голландскому центру «Эразмус», чтобы подтвердить результат на независимой выборке людей.
Фрегат в битве с болезнями
Учёные отмечают, что с точки зрения генетики депрессия — уникальная болезнь. Вклад генотипа в развитие депрессии примерно такой же, как и у шизофрении. Найдены уже десятки генов, которые контролируют возникновение и развитие шизофрении. Но для депрессии до сих пор не было достоверно установлено ни одного.
«Наше исследование первым выявило ген, который изменяет структуру белка», — говорит Аксенович.
До сих пор ученые идентифицировали лишь локусы, то есть кусочки геномов. Мы идентифицировали именно ген, то есть изменения структуры белка. Это открывает возможности для таргетной терапии, разработки лекарств, которые будут каким-то образом корректировать эти дефекты
Сибирские учёные не планируют продолжать исследования в этой области. Их основная специализация — разработка статистических методов анализа и новых пакетов программ. Полученные данные по депрессии учёные опубликовали в научном журнале Biological Psychiatry и теперь передают коллегам-исследователям этого заболевания.
Пакет программ «FREGAT» сейчас находится в международном архиве программ CRAN (the Comprehensive R Archive Network) и имеет открытый доступ. Любой учёный может скачать его и пользоваться им. По словам разработчиков, с помощью программы можно также идентифицировать гены, ответственные за другие заболевания.
Марина Москаленко